中心按照相对独立的实体运行模式运行，成立依托学校管理、相对独立、自主运行的科研机构，形成各协同单位认可的体制机制改革特区。中心实现人、财、物的相对独立运行管理，现有资源的整合与共享，建立科学合理的成果共享与利益分配机制，保障中心与协同单位相互促进、协调发展。运行与管理的基本组织形式为：创新中心-创新平台-创新团队。中心的重大事项决策由建设管理委员会工作会议决定，建设管理委员会实行例会制。建设管理委员会全体会议的决议采取少数服从多数的原则，实行表决制。

中心重大学术决策前由专家咨询委员会提出咨询意见，专家咨询委员会以会议形式开展工作。

中心日常工作由中心主任全面负责，建设管理委员会的各项决议由中心主任负责组织落实。中心设立的若干创新平台，实行团队负责人负责制，开展科学研究、人才培养和社会服务，实现人才、学科与科研三位一体。中心的创新任务和创新人才培养任务由创新团队负责实施。

中心经费筹措和使用管理遵循“稳定支持、分类管理、追踪问效、单独核算、专款专用”的原则，中心经费由国家教育经费、国家科技经费、省财政专项经费、高校自筹经费等途径筹集，中心经费用于中心的建设、运营和发展，并遵守国家有关财务规章制度。